Vào ngày 9 tháng 6 năm 2003, nhà Ai Cập học ở Đại học New York, Mỹ, Joann Fletcher, cho rằng xác ướp "Quý bà trẻ" (Younger Lady) là của Nefertiti. Nhà nghiên cứu người Pháp Marc Gabolde cũng nghiêng về ý kiến của Fletcher. Hầu hết các nhà Ai Cập học đều bác bỏ tuyên bố của Fletcher. Họ cho rằng, "Quý bà trẻ" chính là mẹ đẻ của Tutankhamun, Kiya[10].

Vào năm 2015, tiến sĩ Nicholas Reeves, nhà khảo cổ thuộc trường Đại học Arizona, Mỹ tin rằng ông đã tìm thấy 2 lối đi bí mật trong lăng mộ Pharaoh Tutankhamun. Ông khám phá ra dấu tích của hai con đường mà những người xây dựng lăng mộ đã bịt kín lại. Một trong hai con đường này dẫn đến phòng chôn cất chưa hề bị đụng tới, nhiều khả năng có chứa thi hài Nefertiti[11].

Reeves đưa ra giả thuyết rằng, kích thước lăng mộ Pharaoh Tutankhamun nhỏ hơn so với nơi an nghỉ thông thường của một vị vua Ai Cập. Kích thước không tương xứng và cách bố trí của nó cho thấy, đây là phần lăng mộ mở rộng được thiết kế trước đó dành cho Nữ vương. Ông đi đến kết luận, lăng mộ nhiều khả năng dành cho một Nữ vương Ai Cập vào cuối triều đại thứ 18, mà Nefertiti là người phụ nữ duy nhất nằm trong vị trí này[11]. Cũng theo Reeves, Tutankhamun qua đời đột ngột mà không có sự chuẩn bị trước, nên được chôn cất tạm thời trong lăng mộ vốn không phải dành cho nhà vua, mà cho mẹ kế của ông, Nefertiti[11].

Vào ngày 2/2/2018, các nhà khoa học đã tiến hành quét radar lăng mộ của Tutankhamun để tìm kiếm căn phòng bí ẩn, được cho là nơi chôn cất của Nefertiti. Đây là lần thứ 3 trong vòng 2 năm tìm kiếm căn phòng bí ẩn này[12].